Die CUSTOS eG gehört dem Genossenschaftsverband e.V. an, der als Prüfungsverband die alle zwei Jahre fällige Pflichtprüfung durchführt. Zu prüfen sind Einrichtungen, Vermögenslage und Geschäftsführung der Genossenschaft, einschließlich der Führung der Mitgliederliste.
Die Geschäftsführung, die Buchführung, das rechnungslegungsbezogene interne Kontrollsystem, das Risikofrüherkennungssystem und die Aufstellung der Jahresabschlüsse nach den deutschen handelsrechtlichen Vorschriftlichen liegen in der Verantwortung des Vorstandes. Die Prüfung der Jahresabschlüsse liegt in der Verantwortung des Aufsichtsrates.
Bei uns als kleine Genossenschaft (bis 1 Mio. € Bilanzsumme und 2 Mio. € Umsatzerlöse) findet keine formelle Jahresabschlussprüfung mehr statt. Der Jahresabschluss wird aber auf Plausibilität geprüft.
Die gesetzliche Prüfung dient dem Ziel des Mitglieder- und Gläubigerschutzes.